Какая должна быть толщина шва?

Я думаю, что не о чем беспокоиться. С такими размерами толщины стекла 6мм более чем достаточно. Что касается пузырьков, то в крайнем случае (если всё-таки потечет при контрольном наполнении) что мало вероятно, можно будет просто слить воду, просушить и пройтись в месте протечки по всему шву (изнутри ес-но) слоем силикона.